O Programa de Gestão do Patrimônio Arqueológico é exigido apenas para empreendimentos nível III e IV. O PBA ou documento equivalente deverá conter o Programa de Gestão do Patrimônio Arqueológico. Quando constatada a presença de sítios, mediante a impossibilidade da preservação dos mesmos, esses sítios deverão ser salvos. Para tanto, deve ser realizado um projeto a ser analisado e aprovado pelo IPHAN, e posteriormente à realização dos trabalhos, um relatório, que deve também ser entregue ao IPHAN para aprovação. Faz parte do escopo desta etapa de trabalho a escavação e salvamento do (s) sítio (s) arqueológico (s) identificados; a análise dos vestígios arqueológicos resgatados; o encaminhamento desses vestígios à uma instituição de guarda responsável; a realização de ações de monitoramento arqueológico em certas áreas do empreendimento; a realização de ações de divulgação científica e extroversão do conhecimento para o público; e a realização de um programa de educação patrimonial.